Природный очаг — это наименьшая территория, где в современных экосистемах осуществляется непрерывная циркуляция возбудителя заразной болезни без заноса его извне. Каждый природный очаг представляет собой биотоп (биологически комфортное место для существования) возбудителя. Вместе с тем, каждый природный очаг — это индивидуальный компонент явления природной очаговости, как в общем, так и в частном значении, границы которого могут быть реально определены на местности и выражены на карте. В связи с этим применительно к природным очагам на разных смысловых уровнях употребляются такие экологические понятия, как биогеоценоз, биоценоз, агробиоценоз, агроценоз.

Природные очаги характеризуются своеобразной структурой по биоценотическим (состав сообществ, населяющих территорию очага) и пространственным (природно-территориальные признаки) показателям. Отчетливая природно-территориальная и иная индивидуальность и экологическая предрасположенность каждого отдельно взятого природного очага дает возможность считать его элементарной эпизоотологической (принадлежащей определенному виду животного/возбудителя) структурой (или единицей) природно-очаговой инфекции надорганизменного уровня. Отмеченные выше критерии предполагают практически существенные отличия природного очага от эпизоотического очага (возбудитель циркулирует только среди животных на данной территории), прежде всего с точки зрения стратегии и тактики противоэпизоотических мероприятий.

Возбудители природно-очаговых болезней могут распространяться из резервуаров на домашних животных разными путями. Характер связей между дикими животными-резервуарами и восприимчивыми домашними животными определяет механизмы выноса природно-очаговых инфекций в антропургические (человеческие) условия. В реальных условиях это происходит в случаях разнообразных контактов домашних животных не просто с животными-резервуарами (к тому же трансмиссивные (передающиеся посредством переносчиков – клещей, слепней, комаров) инфекции не заразны), но в целом с биотопами возбудителя в любой возможной форме.

Принципиально важно, что помимо инфекций с трансмиссивной передачей, к природно-очаговым, согласно отмеченным критериям, относятся заразные болезни многих других категорий, в частности сапронозы (природные очаги, для которых характерно существование возбудителя в объектах неживой природы – почва, вода), распространяемые грызунами, при прямом контакте с инфицированиыми животными или зараженной средой.

Возбудители этих болезней также приурочены к строго определенным природным условиям, ведут автономное существование в естественных экосистемах и вне их пределов не циркулируют, но могут распространяться из резервуаров на домашних животных.

Таким образом, явление природной очаговости болезней характеризуется принципиальным своеобразием, что в конечном итоге выражается в паразито-системном, или экологическом, полиморфизме инфекций этой категории со строго определенными критериями и признаками.

На территории Российской Федерации известно множество природноочаговых болезней. По аналогии с растительными сообществами выделяют зональные природноочаговые болезни, связанные с условиями той или иной зоны: это клещевой энцефалит, иксодовые клещевые боррелиозы, геморрагическая лихорадка с почечным синдромом (лесная зона); клещевые риккетсиозы и спирохетозы (лесостепные и пустынно-степные ландшафты); чума, ку-лихорадка (аридные зоны — степная, пустынная и полупустынная). Интразональные очаги, не занимающие ни в одной зоне плакорных участков, свойственны туляремии, лептоспирозам, омской геморрагической лихорадке. Значительную опасность представляют приуроченные к речным системам гельминтозы, возбудители которых передаются рыбами, — описторхоз, дифиллоботриозы и др. Многие болезни имеют экстразональные (т. е. выходящие за пределы «своей» зоны) очаги. Например, за пределами лесов в экстразональные условия переходят очаги клещевого энцефалита, концентрирующиеся в березовых колках степей.

В глобальном масштабе между распространением заболеваний и географической зональностью природной среды прослеживается весьма четкая связь. Число характерных природноочаговых заболеваний населения значительно увеличивается от холодных регионов к жарким и достигает максимума в субэкваториальном поясе. Этот вывод согласуется с известным в науке фактом: строение тропических экосистем значительно сложнее и разнообразнее, чем полярных.

Ареалы клещевых инфекций в нашей стране различаются по своим размерам и структуре: например, клещевой энцефалит и иксодовые клещевые боррелиозы распространены очень широко, а сибирский клещевой тиф и лихорадки омская геморрагическая, астраханская пятнистая и Крым-Конго имеют ограниченный ареал (хотя их влияние на общественное здоровье в пределах своего распространения весьма существенно).

Помимо перечисленных клещевых инфекций, широкий ареал имеет довольно опасное нетрансмиссивное природноочаговое заболевание — геморрагическая лихорадка с почечным синдромом, ассоциируемая с некоторыми видами грызунов. Возбудитель передается человеку воздушно-пылевым и контактным путями при соприкосновении с экскрементами и другими выделениями животных, зараженных вирусом.

Распространены в России и природноочаговые гельминтозы, в первую очередь описторхоз и дифиллоботриозы. Это болезни, возбудители которых передаются человеку через плохо проваренную или прожаренную рыбу. Значительная часть мирового нозоареала описторхоза — очень тяжелого природноочагового заболевания, вызываемого гельминтом-сосальщиком.